2004 yılında Boğaziçi Üniversitesi’nde İşletme alanında doktora çalışmalarına başlamıştır. Aynı dönemde aile şirketi bünyesinde, Milli ve Özgün İnsansız Hava Aracı Sistemleri geliştirilmesine yönelik çalışmaların projelendirme aşamalarında mühendislik yöneticiliği görevini yürütmüştür. Bu süreç içerisinde kavramsal tasarımdan, prototip, test, üretim ve eğitim aşamaları vb. ürün yaşam döngüsü kapsamında devam eden iş süreçlerinde görev almıştır. Halen Baykar Genel Müdürü olarak görev yapmaktadır.

2017 yılında Türkiye Teknoloji Takımı Vakfı (T3) Yönetim Kurulu Başkanı olan Bayraktar, 2018 yılında SAHA İstanbul Savunma ve Havacılık Kümelenmesi Yönetim Kurulu Başkanlığı görevine seçilmiştir. Yine 2018 yılında TÜBİTAK Yönetim Kurulu Üyeliğine seçilen Haluk Bayraktar, bu görevlerine halen devam etmektedir. 

Bayraktar, 2019’da başlayan COVID-19 salgınına karşı Türkiye’de yürütülen mücadelenin özel sektör ayağında aktif olarak rol almıştır. Yönetim Kurulu Başkanlığını yürüttüğü SAHA İstanbul kümelenmesi ile çeşitli projelerin yürütülmesine ön ayak olmuş, bunun yanısıra Baykar, Aselsan, Biosys ve Arçelik tarafından geliştirilen yerli yoğun bakım solunum cihazı projelerinde görev almıştır. Yerli ve milli imkânlarla üretilen yoğun bakım solunum cihazları bir ay gibi kısa bir sürede Sağlık Bakanlığı’na teslim edilmiştir. Bu cihazlar Türkiye tarafından imkânı olmayan birçok ülkeye hibe ve ihtiyaç duyan ülkelere de ihraç edilmiştir. 

Haluk Bayraktar, Türkiye ve Ukrayna arasındaki ilişkilerin stratejik düzeye ulaşmasında sunduğu katkılardan dolayı Ukrayna Devleti tarafından Devlet Nişanı’na layık görülmüştür. Nişan, 25 Ağustos 2020’de başkent Kiev’de bulunan Devlet Başkanlığı Sarayı’nda, Ukrayna Cumhurbaşkanı Volodimir Zelenski tarafından takdim edilmiştir. 

Haluk Bayraktar ayrıca Baykar tarafından milli ve özgün olarak geliştirilen Bayraktar TB2 SİHA’ların Karabağ’ın Ermenistan işgalinden kurtulmasına sunduğu katkı nedeniyle Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı İlham Aliyev tarafından Karabağ Nişanı’na da layık görülmüştür.

Bilimsel Yayınlar

Bayraktar, H., & Bayraktar, S. (2004). İdealden gerçeğe bir insansız uçak projesi. In Havacılıkta İleri Teknolojiler Konferansı (HİTEK). İstanbul: Hava Harp Okulu.
Bayraktar Mini İnsansız Hava Aracı Sistemi Bileşenleri ve Performans Analizi
Haluk Bayraktar, Selçuk Bayraktar, HASEM 06, Kayseri
Bayraktar Mini İnsansız Hava Aracının Tasarım Özellikleri
Haluk Bayraktar, Selçuk Bayraktar, Prof. Dr. Ünver Kaynak, SAVTEK 2006, ODTÜ
Bayraktar, H., & Kundak, N. (2004). Düşük Maliyetli Alıcılarla, İnsansız Hava Araçları için Geliştirilen Ataletsel Navigasyon ve GPS Entegrasyonu Uygulaması. In Havacılıkta İleri Teknolojiler Konferansı (HİTEK). İstanbul: Hava Harp Okulu.
Bayraktar, H., & Kundak, N. (2005). İnsansız Hava Araçları İçin Uçuş Kontrol Sistemleri ve Test Edilmiş Bir Uygulama. In National Automatic Control Meeting. İstanbul: İstanbul Teknik Üniversitesi.
Bayraktar, S., & Bayraktar, H. (2004). İnsansız Hava Aracı Projesi. İstanbul.
Bayraktar, S., & Bayraktar, H. (2005). İnsansız Hava Aracı Projesi 2004-2008. İstanbul.
İnak, Ö., Bayraktar, H., & Bayraktar, S. (2006). Çoklu İnsansız Hava Aracı Sistemleri Teknolojisi: Tasarım Ve Geliştirme Çalışmaları. In Savunma Teknolojileri Kongresi. Ankara.

Yazılı ve Görsel Basın & Konuşmalar

İnsansiz Hava Araçlari Teknolojisinde Türkiye’nin Geldiği Nokta ve Gelecek, Ülke TV Canlı Yayın, 14 Şubat 2016   
Türkiye’nin İnsansız Hava Aracı Yol Haritası, 24 Aralık 2015, SSM, Seta Paneli Konuşmacısı   
Hedef: İnsansız Hava Aracı Teknolojisinde Dünya Liderliği, Reportaj, STOtomasyon Dergisi, 2015 Mayıs, 77. Sayı   
Figes “Havacılıkta Ar-Ge ve Milli Uçak Projesi” Konferansı Konuşmacısı, 21 Nisan 2015   
Bayraktar, H. (2015). “Havacılıkta Ar-Ge ve Milli Uçak Projesi” Konferansı Konuşması. Retrieved January 1, 2015, from   
Bayraktar, H., Bayraktar, S., & Bayraktar, Ü. (2014, June). Bayraktar Taktik İHA’sı Sınırların Ötesine Geçti. MSI Dergisi, (107), 34–43.   
Baykar Makina da PLM için Enovia v5 SmarTeam Dedi, Reportaj, MSI Dergisi Temmuz 2015   
Bayraktar, H., & Bayraktar, S. (2010, December). Teknolojileriyle Dünyadaki Rakipleriyle Yarışan Özgün ve Milli İnsansız Hava Araçları Bayraktar, Malazgirt ve Çaldıran. Bilim ve Teknik Dergisi, (517), 58–61
Savunma Sanayisinde Rekorları Elimizde Tutuyoruz, Reportaj, Moment Expo Nisan 2015, 83. Sayı   
TRT Kent Radyo Canlı Bağlantı, 13 Mayıs 2015
Kodcu.com Kafe Toplantısı Söyleşi, 30 Mart 2015   
Başarı Hikayesini Anlattı, MSI Dergisi 114. Sayı   
TV24 Canlı Yayın Konuğu, 3 Mayıs 2014   
Habertürk Airport Programı Katılımı, 7 Aralık 2014   
Habertürk Airport Programı Katılımı, 29 Haziran 2014   
TRT Tekno HD, İstanbul Airshow 2014   
Türkiye İnsansız Hava Aracı Teknolojisinde Nereye Gidiyor, Doğan Haber Ajansı 6 Mart 2015   
NTV Haber Canlı Yayın, Deniz Kurdu Operasyonu Canlı Yayın, 15 Mayıs 2015   
Yüksek Teknolojide Milli Hamleler: Bayraktar İnsansız Hava Araçları, Türkiye Gençlik Vakfı Organizasyonu İlçe Konuşmaları (Sarıyer, Bahçelievler, Güngören, Başakşehir, Fatih İlçeleri, Kartal Anadolu İHL)   
Hava Harp Okulu Öğrencileri ile Söyleşiler (2005,2006,2007,2008,2009)
Savunma Sanayi ve İnsansız Hava Araçları, TV8 Canlı Yayın, 25 Nisan 2013
Boğaziçi Yöneticiler Vakfı Konuşması, 28 Mart 2015